Nossos heróis estão novamente em alto mar quando dois barcos passam em alta velocidade por eles indo em direção a uma ilha, então Ash e seus amigos vão dar uma olhada para ver o que estava acontecendo.
Quando chegam na ilha eles vem uma repórter que estava fazendo um documentário sobre o mistério Kabuto, então Ash e os outros resolvem ir atrás deles para descobrir mais sobre esse tal mistério. Chegando perto da repórter eles vêem o fóssil de Kabuto e descobrem que a diretora da equipe arqueológica que estava estudando os fósseis era a enfermeira Joy, que fala em uma entrevista que eles estão ali para saber mais sobre o habitat do pokémon extinto e também do o óleo da concha do Kabuto que dizem que além de dar boa saúde faz as pessoas viverem para sempre, então Ash e Trace perguntam se podem ajudar na escavação e ela deixa.
No caminho para o local da escavação eles são surpreendidos por uma pedra gigante que rola em direção deles, Ash então fala para Joy para usar os Machokes que estavam juntos para segurar a pedra tirando-a do caminho. Quando começam o trabalho eles são novamente surpreendidos por um monte de pedras. Uma delas estava indo em direção da equipe jornalística, mas a enfermeira Joy usa seu Rhydon para quebrar a pedra salvando-os.
Derrepente Pikachu sente a presença de alguém e sai correndo com Ash atrás, então Ash avista um homem, que era quem estava empurrando as pedras, e consegue agarrá-lo. Esse homem os adverte falando para eles saírem da ilha antes que seja tarde, e que as pedras eram apenas um aviso. Ele também fala sobre uma profecia que dizia: Quando chegarem os escavadores a lua brilhará vermelha, a própria terra desaparecerá, e será engolida pelo mar, ele diz que eles estão perturbando a ilha, mas Misty fala que quem está perturbando é ele tacando todas aquelas pedras. Nesse momento aparece um escavador dizendo que acharam um fóssil e todos correm para ver, deixando o homem furioso.
Quando eles chegam na caverna onde acharam o fóssil, eles percebem que não tinha só um mas vários fósseis de Kabuto lá dentro e que as paredes da caverna eram feitas do fóssil do pokémon. Quando um dos escavadores falou que ia recolher amostras o homem misterioso tentou impedir, nesse momento a Equipe Rocket aparece e rouba alguns fósseis de Kabuto. O homem novamente fala sobre a profecia, mas a Equipe Rocket não dá a mínima, lança uma bomba e foge.
Derrepente a lua fica vermelha e todos os kabutos da ilha começam a voltar a vida, um deles fura o balão da equipe rocket e eles decolam. O problema é que não era só a caverna que era feita dos fósseis Kabuto, mas toda a ilha, o que significava que a ilha estava prestes a sumir do mapa, então todos correm para floresta e fazem uma jangada e com a ajuda dos pokémons a levam até o mar se salvando a tempo. A ilha desaparece, e todos resolvem não dizer nada sobre o que aconteceu ali para ninguém.
